1、定义不同：

海关监管作业场所：根据《中华人民共和国海关监管区管理暂行办法》（海关总署令第240号），海关监管作业场所是指由企业负责经营管理，供进出境运输工具或者境内承运海关监管货物的运输工具进出、停靠，从事海关监管货物的进出、装卸、储存、集拼、暂时存放等有关经营活动，符合《海关监管作业场所设置规范》，办理相关海关手续的场所。

海关指定监管场地：根据《海关指定监管场地管理规范》（海关总署公告2019年第212号），指定监管场地是指符合海关监管作业场所（场地）的设置规范，满足动植物疫病疫情防控需要，对特定进境高风险动植物及其产品实施查验、检验、检疫的监管作业场地。

2、历史沿革不同：

海关监管作业场所：2008年1月30日，海关总署令第171号对外公布了《中华人民共和国海关监管场所管理办法》，首次提出海关监管场所的概念；2017年8月，出台的海关总署令第232号进一步明确了海关监管作业场所的定义；2018年国务院机构改革明确“将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”，《海关监管作业场所（场地）设置规范》（海关总署公告2019年第68号，经海关总署公告2021年第4号修订）扩充了海关监管作业场所内的功能。

海关指定监管场地：2009年12月，原国家质量监督检验检疫总局在《质检总局关于采取进口植物种苗指定入境口岸措施的公告》中，提出指定入境口岸的概念；2018年4月，出入境检验检疫正式划入海关。机构的改革带来监管手段的变革，翌年12月，海关总署发布了《海关指定监管场地管理规范》，海关指定监管场地的定义正式被提出。

3、范围不同：

监管作业场所主要包括：

●水路运输类海关监管作业场所

●公路运输类海关监管作业场所

●航空运输类海关监管作业场所

●铁路运输类海关监管作业场所

●快递类海关监管作业场所等

指定监管场地的主要包括：

●进境肉类指定监管场地

●进境冰鲜水产品指定监管场地

●进境粮食指定监管场地

●进境水果指定监管场地

●进境食用水生动物产品指定监管场地

●进境植物种苗指定监管场地

●进境原木指定监管场地

●其他进境高风险动植物及其产品指定监管场地