根据《中华人民共和国审计法》的规定，2013 年11 月至2014 年3 月，审计署对中科院2013 年度预算执行情况和其他财政收支情况进行了审计。根据中科院提供的资料，截至2014 年10 月底，审计发现问题的整改情况如下：
　　一、预算执行中存在主要问题的整改情况
　　（一）所属国家纳米科学中心（以下简称纳米中心）2012年用已完工项目申报预算，套取财政资金912万元；物理研究所（以下简称物理所）2009年重复申报项目，套取财政资金606万元。
　　针对以上问题，纳米中心和物理所已于2014 年7 月退回套取的财政资金，上交中科院；中科院已商财政部统筹纳入预算安排，目前正在办理相关手续。
　　（二）2008年以来，所属纳米中心、物理所、半导体研究所、大气物理研究所和生态环境研究中心（以下简称半导体所、大气所和生态中心）扩大经费开支范围，在基本支出、课题和项目经费中列支无关支出等15 826.84万元，其中2013年5757.59万元。
　　针对以上问题，纳米中心、物理所、生态中心和大气所已将扩大开支范围的资金归还原渠道，并调整了有关会计账目；半导体所已将结余的测试资金归还原渠道，并调整了有关会计账目，目前正在起草相关内部控制管理办法，规范所内课题测试收费标准，细化成本核算。
　　（三）2013 年，所属物理所未严格履行协议，提前从零余额账户向其控股公司支付设备款935.15 万元。
　　针对以上问题，物理所已收回未在协议付款期内支付的款项，今后将规范进口设备采购管理，完善进口设备的付款方式和验收程序。
　　（四）截至2013年底，所属大气所和物理所有667个项目应结题未结题，涉及金额3190.05万元；纳米中心和大气所有209个已结题项目未及时结账，涉及金额6668.99万元。
　　针对以上问题，大气所、物理所和纳米中心已完成477个科研项目结题结账，涉及金额5739.34万元。对尚未结题结账的399个科研项目，中科院将尽快清理完毕。
　　（五）2013年，所属物理所未执行政府集中采购，自行采购物业管理服务和办公家具，涉及金额1115.92万元。
　　针对以上问题，物理所加强了政府采购管理，2014年购买的物业服务及超过规定额度的办公家具已按规定要求进行政府集中采购。
　　（六）2013年底，所属生态中心决算报表中劳务费、委托业务费支出不实，涉及金额5618.98万元。
　　针对以上问题，生态中心已严格区分相关会计明细科目进行核算，调整了有关账目。
　　（七）因公出国（境）管理中存在的问题。
　　1．2013 年，所属物理所和大气所有102 人在无出国任务批件的情况下持因私护照执行出国任务；物理所、大气所、生态中心超预算列支出国费884.47 万元；院本级和所属生态中心7个出国（境）团组在非定点购票点购买机票。
　　针对以上问题，中科院、大气所制定了《国际机票报销规则》、《大气物理研究所因公出国（境）管理办法》等4项规章制度，加强因公出国（境）管理；物理所成立外事工作办公室，专门负责物理所出入境管理等事宜。
　　2．2012年和2013年，所属生态中心的3个出国（境）团组中，2人擅自增加出访国家，9人擅自增加出访城市，21人擅自延长境外停留时间共计79天；未经批准组织双跨团组，邀请自然科学基金会1名工作人员持因私护照分别出访美国、加拿大，承担其出国费用4.12万元，其中2013年2.46万元；2个团组超标准列支出国费8.68万元，其中2013年2.46万元；将2013年出国费6.10万元转嫁给挂靠单位中国生态学学会承担。
　　针对以上问题，生态中心制定了《生态环境研究中心因公出访手续办理流程》，加强管理；对未经批准组织双跨团组问题进行认真检讨，对会议组织人员进行了批评教育，收回相关费用；收回超标准支出的出国费，将转嫁的出国费用归还给中国生态学会，并调整了有关账目。
　　（八）截至2013年底，院本级超编制配备公务用车17辆；所属半导体所2011年以来违规占用参股公司公务用车2辆，其中1辆超标准；物理所2012年无预算购置价值76.20万元的3辆公务用车，且未执行政府集中采购。
　　针对以上问题，中科院将结合公务用车改革解决超编配备车辆问题；半导体所已停止占用下属企业车辆；物理所加强了预算执行管理，杜绝无预算购置公务用车情况再次发生，今后严格执行政府采购有关规定。
　　（九）会议费管理中存在的问题：
　　1．2013 年，院本级未经批准召开4 个二类会议；所属物理所在非定点饭店召开4 个会议、支出26.35 万元，其中2 个会议在五星级酒店召开。
　　针对以上问题，中科院已按规定将2014年度计划召开的二类会议计划送财政部审核会签后报国务院审批，并报国管局备案；物理所通过会议传达、文件传达等形式，明确会议地点和预算审批以及报销管理规定，严格按照会议费相关管理办法进行会议政府采购，禁止到五星级酒店和名胜风景地召开会议。
　　2．2013年，所属大气所将1个研讨会的后半程议程安排在游船上召开，26.02万元费用由收取的会议费和企业赞助费承担。
　　针对以上问题，大气所制定了《中国科学院大气物理研究所会议管理办法》，并对组织会议的负责人给予行政警告处分。
　　3．2013年，所属生态中心委托旅行社组织28名职工赴江苏宜兴考察4天、北京游览1天，支出14.92万元，其中10万元以会议费名义列支。
　　针对以上问题，生态中心已将扩大开支范围的经费全部退回，并对组织会议的负责人给予行政警告处分。
　　4．2013年，所属物理所收取的会议注册费6.42万元未纳入其法定账簿核算。
　　针对以上问题，会议承办方已将相关收支情况上报物理所。
　　5. 截至2013年底，所属半导体所将在往来款挂账的2010年举办国际会议收取的注册费及广告费42.66万元，全部用于所内职工劳务费、办公用品等支出。
　　针对以上问题，半导体所已规范相关收费行为，并调整了相关会计账目。
　　二、其他财政收支中存在主要问题的整改情况
　　（一）2013年，所属物理所、半导体所、生态中心等9家单位部分领导办公用房面积超过国家规定标准50%，其中物理所和生态中心主要负责人办公用房实际使用面积共计242平方米，但向中科院上报为49平方米。
　　针对以上问题，中科院对物理所等9个单位给予了严肃批评。截至2014年4月底，9个单位已对上述超标准占有、使用的办公用房进行了腾退。同时，中科院正在起草《中国科学院领导干部办公用房配置管理暂行办法》，进一步规范办公用房管理。
　　（二）2012年，未经财政部批准，院本级自行批复所属大气所拆除价值1095.51万元建筑物；所属物理所未经批准将该所一栋应拆除的平房加层扩建，支出297万元；地质与地球物理研究所（以下简称地质所）为变更科研办公楼用地性质，在项目概算外支付给民营企业“规划立项程序审批服务费”466万元。
　　针对以上问题，大气所正在向财政部补报房屋拆除审批手续；物理所正解决住宿人员的安置问题，待安置妥当后立即启动对平房的后续腾退、拆除工作；地质所已责成研究所职能部门停止执行项目合同，将已经支出的资金从基建支出调整到从研究所自有资金列支。
　　（三）2011年至2013年，所属物理所和大气所购置的294.04万元软件未纳入固定资产管理，其中2013年18.04万元。
　　针对以上问题，物理所和大气所已按要求将购置开发的软件补记入库，进行了相应的账务处理，纳入固定资产管理。
　　（四）截至2013年底，所属物理所2012年已投入使用基建项目未办理竣工财务决算，实际支出超概算2131.24万元，在该项目中编造虚假接待业务，使用不合规发票报销15.40万元。
　　针对以上问题，物理所正在办理工程结算和决算工作；已追回使用不合规发票报销的有关资金，同时要求所属各部门，加强对报销票据的审核。
　　（五）2011年以来，所属物理所未经公开招标或化整为零规避公开招标采购货物、服务和工程等，涉及金额1222.81万元；2013年在没有工程计量结果的情况下报销工程款300万元。
　　针对以上问题，物理所对3名招标工作的负责人给予了行政警告处分，并对相关业务进行了清理规范，通过复核工程量，补报了工程进度付款审批表及工程款支付证书等相关资料。
　　（六）2012年，所属半导体所收取的房屋租金128.04万元未缴纳房产税、营业税及附加。
　　针对以上问题，半导体所已于2014年5月按规定缴纳房产税、营业税及附加。
　　（七）2009年至2013年，未经院党组批准，院本级、北京分院、沈阳分院个别领导干部在中科院所属企业兼职，领取津贴共计106.90万元，其中2013年25.20万元。
　　针对以上问题，中科院已按有关规定停止领导干部兼职取酬，同时对兼任持股企业董监事人员进行了调整。