根据《中华人民共和国审计法》的规定，2013年5月至7月，审计署对宗教局预算执行情况和其他财政收支情况进行了审计。根据宗教局提供的资料，截至2014年10月底，审计发现问题的整改情况如下：
　　一、2012年，局本级29个项目预算未细化支出内容、未明确测算依据
　　针对以上问题，宗教局加强了部门预算编制管理，细化了项目预算编制。
　　二、2012年底，局本级在地方宗教工作部门未提交申请的情况下，向其拨付工作补助850万元
　　针对以上问题，宗教局已采取措施，加强预算执行管理，严格审核各类资金拨付。
　　三、2012年，局本级在课题及政策研究经费等项目中列支与项目无关的支出383万元
　　针对以上问题，宗教局已将扩大项目开支范围列支的383万元归还资金原渠道，并调整了相关会计账目。
　　四、2012 年，局本级超标准支出会议费81 万元
　　针对以上问题，宗教局已采取措施，加强会议费管理，严格会议计划执行和会议支出审批。
　　五、2012年12月至2013年1月，局本级有8次公务接待用餐超标准或超批准人数，餐费合计3万元
　　针对以上问题，宗教局已修订完善相关规章制度，严格管理各类公务接待。
　　六、2012年，局本级政府采购预算编制不完整，实际执行中超预算采购292万元
　　针对以上问题，宗教局在2014年度部门预算中，加强了政府采购预算编制管理。