根据《中华人民共和国审计法》的规定，2013年11月至2014年3月，审计署对食品药品监管总局2013年度预算执行情况和其他财政收支情况进行了审计。根据食品药品监管总局提供的资料，截至2014年10月底，审计发现问题的整改情况如下：  
　　一、预算执行中存在主要问题的整改情况  
　　（一）2013年，所属国家食品药品监督管理局药品审评中心（以下简称药审中心）和药品评价中心预算编报不完整，未将事业收入和经营收入等1859.14万元编入当年预算。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局已责成药审中心和药品评价中心在以后年度编报部门预算时，将事业收入和经营收入按规定纳入预算编报范围。  
　　（二）2013 年，所属中国食品药品检定研究院在上年建设项目结转13 885.23 万元的情况下，又申请预算46 000 万元，实际支出20 208.72 万元，年底累计结转39 676.51 万元。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局已责成中国食品药品检定研究院充分考虑建设项目年度实施计划，制定具体资金使用计划，加快预算执行进度；中国食品药品检定研究院已将基建累计结转资金纳入2014 年部门预算，通过加强与承包方配合，协调招标采购与施工进度计划等方式提高预算执行率。  
　　（三）2013年，局本级和所属药审中心等3家单位未经批准，自行扩大项目支出范围列支2239.88万元，用于机关办公楼物业管理费、新办公地址租赁费和人员经费等支出。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局和所属药审中心等3家单位加强了预算管理，今后将严格按照支出用途使用资金。  
　　（四）2013年，局本级未执行公开招标，直接委托1家单位开展“餐饮服务食品安全宣传周”活动，涉及金额86.37万元。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局加强了政府采购管理，今后将严格按照相关规定执行。  
　　（五）2013年，局本级和所属医疗器械技术审评中心超预算列支因公出国（境）费用218.71万元；局本级的12个团组超标准列支住宿费13.19万元；局本级安排8人次出国培训，接受企业资助62.27万元。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局和所属医疗器械技术审评中心加强了因公出国（境）管理，今后将严格执行出国（境）预算并按规定标准列支出国（境）经费，杜绝接受企业资助出国培训现象的发生。  
　　（六）2013年，局本级向外交部报备的因公出国（境）计划中，部分出国（境）计划未列明邀请方和经费来源；未建立团组活动评估核查机制；组织的41个团组中，仅10个团组的出访报告上传到内部网接受公开监督，9个出国团组出国天数超过国家规定。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局加强了因公出国（境）管理，今后将严格编制出国（境）计划，健全出国（境）团组出访报告公开监督机制，严控出国（境）天数。  
　　（七）截至2013年底，局本级未经批准，将103.89万元公务用车购置费用于公车运行费及司勤人员支出；局本级超编制配备公务用车3辆。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局加强了公务用车管理，今后将严格执行预算，3辆超编制公务用车将结合公务用车改革一并清理。  
　　（八）2013年，局本级未按规定报国管局备案三类会议年度计划；局本级的4个会议在非定点饭店召开，涉及金额16.39  
万元；2个会议的与会人数超过规定标准，多列支会议费14.84万元；22个会议超标准列支会议费15.11万元。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局加强了会议管理，今后将按规定做好会议计划编制、审批和备案，严控支出标准，严格按规定召开会议。  
　　二、其他财政收支中存在主要问题的整改情况  
　　（一）截至2013 年底，局本级应收所属机关服务中心和信息中心款项共计1332 万元长期挂账，未及时清理。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局已将涉及机关服务中心的932 万元确认为支出，并调整了有关会计账目；将涉及信息中心的400 万元确认为欠款，已要求该中心返还。  
　　（二）截至2013 年底，局本级未按规定将开发的价值48万元的系统软件计入固定资产。  
　　针对以上问题，食品药品监管总局已按要求将上述开发软件计入固定资产，调整有关会计账目和决算（草案）。