2006年初，随着动物卫生体制改革，我市建立35个乡镇动物卫生监督所。为加强管理，市动监局制定了乡镇动物卫生监督所管理办法，落实责任制，实行目标管理百分量化考核，创新工作机制，在全省率先建立新形势下基层动物卫生组织体系管理运行模式。
　　各乡镇动监所明确工作职责，建立防疫制度、监督检疫制度、动物防疫监督员职责、动物检疫员职责、值班值宿制度、村动物防疫员职责和收费标准防疫制度、监督检疫制度9项规章制度。建立了全市统一的动物免疫档案、产地检疫档案、产品检疫档案、牲畜交易市场档案、畜禽养殖档案、无害化处理记录、兽药饲料经营业户档案、动物诊疗机构档案8项工作档案，档案管理做到准确、规范、完整，并全部实行微机化管理。
　　2007年省动监局多次派工作组对阜新乡镇动监所工作情况进行调研。5月17日，省动监局主管局长翟国海带队对阜新乡镇动监所调研结束时说：“阜新乡镇动监所管理工作有四大亮点，一是业务工作实行目标考核管理；二是建立奖优惩劣机制；三是合理确定业务工作指标；四是财务实行预算管理。管理工作抓的实、有创新、有特点，给全省树立了榜样，应在全省推广”。 10月28日，省动监局在阜新召开全省基层动物卫生体系建设经验交流会，推广我市乡镇动监所管理经验及做法，省动监局长宋树才在总结时说： “阜新市乡镇动监所管理走在了全省前列，在全省开了个好头，对全省动物卫生系统的机构改革和建设问题具有深刻地指导性意义，为新时期的基层动物卫生体系建设指明了方向，有利于辽宁省动物卫生体系的建设向更好、更强的方向发展”。