活佛宫位置在大雄宝殿的西边，房舍999间。分东西两馆，南北七道门。东馆是活佛起居、饮食和佛宫行政、办公的处所。

西馆是接待外宾的地方。两馆甬道上有八角门、垂花门、屏门等，均有回廊相通。两馆院内布满石雕香炉、楼台殿阁。院西有一座小庙，庙内供成吉思汗画像。每年农历四月十六日，要选一匹骏马，披挂彩带，拴在画像前，表示对成吉思汗的敬献之意。