大雄宝殿外有四大扎仓：萨尼特扎仓、曼巴扎仓、阿克巴扎仓和丁科尔扎仓。分别是传授佛教经典、佛教医学，传授密宗教义、真言和研究天文、历法等知识的机构。这里曾经培养出许多佛门学子，对医学、文学、天文、地理、数学、建筑和艺术等各方面有很大贡献。在宗教文化、医学、建筑等各方面都对满、蒙、藏、汉各民族交流发展起到了重要作用。

1.萨尼特扎仓

萨尼特扎仓，即喇嘛教哲学学部，因建在大雄宝殿东侧，也称东扎仓。是传授佛教哲理的因明学部。由正殿、五位法王殿、东西配殿、大锅房及山门组成的单独寺院。有庙宇63间。正殿七九见方，宫殿式二层建筑，正中供有三丈六尺高的铜铸镀金弥勒佛像，还有八尺高的释迦牟尼铜像和四、五尺高的35尊铜佛像。殿西北角是六臂护法庙，此庙台阶前方有一只石雕的绿鹦鹉。殿内外十分整洁壮观。

萨尼特扎仓是研究哲学经义的学府，在这里首先要学习藏文、经文时间长达六、七年，然后再花费30年的时间，分15个阶段学习佛教哲理因明学，还要在经堂、法园中，互相出题答辩，以求深解经文。最后在大雄宝殿经过“磋朗辩论”后，再经考试合格，根据其学习成绩，辩论哲理程度，授予磨罗连扎布^①、朵林巴^② 、格布楚^③三种学位。

2.曼巴扎仓                                   

曼巴扎仓是医药学部，建在寺外东山顶上。距大雄宝殿1千米，是学习研究医学的学府。由主殿、配殿、山门组成。庙宇33间。主殿是宫殿式建筑，殿内供有各一尺二丈高的铜制镀金药师佛和阿旃婆佛。佛台东侧是64尊药师佛群像，一尊观世音菩萨，西墙上挂着盛世千尊佛像，后面也是64尊药师佛群像。正中是莲花宝座，花盘上供着药师佛经。东壁上绘有以《四部医典》为基本内容的枝干形图案，是该寺重要文物。

 “曼巴”在藏语中意思是医生。喇嘛医生必须在这里学习、实习，经考核后方可行医。经15年以上学习，考试合格者，可获得最高学位曼冉巴^④，精通医术，考试合格者，由活佛赐予“道布切”称号，并由寺院出资制药，承认其为主治医师。曼巴扎仓是东北地区蒙医蒙药学的研究中心，培养出来的藏医数千人，其中许多人成为了远近闻名的名医。

3.阿克巴扎仓

    阿克巴扎仓即密咒学部。教授真言密诀即修持密咒。由主殿、偏殿和后殿构成，共72平方丈。殿内供有黄教始祖宗喀巴、拉哈珠苏木、大自在药师佛、观世音、无量寿佛。配殿内挂着极乐世界坛城图。这里的喇嘛都是萨尼特扎仓派来专门修持佛教迷咒真言，讲授即生成佛的教义。经20年以上学习，成绩优秀、考试合格者可取得最高学位“阿林巴”^①。

4.丁科尔扎仓

丁科尔扎仓即时轮学部。这里是专门研究天文、历法、日月蚀，旱涝灾害、编历书，记载气象变化的学府。由主殿、藏经殿、时轮金刚殿和天王殿组成。殿内有3头24臂的时轮金刚佛像。侧旁有360日值星神像。墙上有时轮金刚居住的佛境“香巴拉”国城垠图。丁科尔扎仓的僧徒中，有一部分是专门研究天文历法的，每年要编写《历书》发至蒙古贞各地。他们中经15年以上学习，考试合格者，可取得最高学位“西林巴”。

1998年初，在天王殿旧址，来自沈阳的王妍、汪华荣居士出资修建了天王殿，于1999年5月12日开光。外有18根大圆柱，拖梁而起，内设4米高的泥塑彩绘四大天王造像。重建的天王殿保持了历史原貌。此外，还维修了舍利塔、舍利庙、活佛宫、祈愿殿、马头金刚殿、藏经殿、转经亭、山门、白塔、钟鼓楼等。