“文革”中瑞应寺惨遭破坏，原貌皆非，一些原有的古建筑荡然无存。拨乱反正后，宗教政策得到重新落实。在各政府和各方民间人士的资助下，瑞应寺被逐步重新修建。瑞应寺的修复工程首先修复了藏式二层楼阁建筑大雄宝殿。大雄宝殿是瑞应寺的主殿，其建筑结构为：一层九九见方，面积81平方丈，内有圆柱64根。二楼后半部是宫殿式建筑，四角铜铃高悬、金龙飞动。前半部为平坦庙顶、正中是铜质镀金法轮、两侧一对金鹿相向而卧，因法轮是佛教的一个标志圣物，故被称为“卧鹿法轮”。意为连鹿等动物都皈依佛法，可见佛法威力无边。殿内供奉有释迦牟尼、宗喀巴大师和诸菩萨造像，还有庄严肃穆的佛幢等圣物。大雄宝殿雕梁画栋、金碧辉煌、古香古色、非常壮观。

大殿的北面是清康熙十八年（公元1680年）康熙皇帝赐建的昭庙。还有九大臣祈愿殿，九间二层楼，共72扇门。殿前东南方有四间高房，为舍间房。内有内径3米的两口大铜锅，各能煮750千克小米肉粥。东厢是五间瓦房式建筑，内供马头金刚泥塑像。西厢是藏经殿。